Ο Όσιος Χριστόδουλος γεννήθηκε στην Μ. Ασία, στα περίχωρα της Νικαιας της Βιθυνίας περί το 1024. Οι ευσεβείς και ενάρετοι γονείς του Θεόδωρος και Άννα, του έδωσαν το όνομα Ιωάννης.
Ο νεαρός Ιωάννης διδάχτηκε από μικρός τα γράμματα, και εντρύφησε με ζήλο στην μελέτη των θείων γραφών. Από την εφηβική του ηλικία φλεγόταν από τον πόθο να ακολουθήσει την οδό του μοναχικού βίου, και οι γονείς του φοβούμενοι μήπως τον χάσουν από κοντά τους επέμεναν να νυμφευθεί, αλλά πριν από τον γάμο αποφάσισε να ακολουθήσει την κλήση του Θεού και έφυγε κρυφά από το χωριό του, καταφεύγοντας στο όρος Όλυμπος της Μυσίας όπου υπήρχαν πολλά μοναστήρια και κελλιά.
Εκεί στον Όλυμπο, ο Ιωάννης έγινε δόκιμος “τεθείς υπό την διδασκαλίαν και την διαπαιδαγώγησιν του προηγουμένου της ιεράς εκείνης ποίμνης “,
ο οποίος βλέποντας τον ζήλο του τον έκειρε μοναχό και του έδωσε το όνομα Χριστόδουλος, εξ αιτίας της μεγάλης του αγάπης για τον Ιησού Χριστό. Τρία χρόνια αργότερα ο γέροντας πέθανε και ο μοναχός Χριστόδουλος, έφυγε για την Ρωμη με σκοπό να προσκυνήσει τους τάφους των Αγίων Αποστόλων, Πετρου και Παύλου. Από εκεί μετέβη για προσκύνημα στούς Αγίους Τοπους και στην συνέχεια στην Παλαιστίνη, όπου πιθανώς εγκαταβίωσε στη μονή του Αγίου Σάββα.
Όμως, το σχέδιο του Θεού ήταν διαφορετικό. Κύμα επιθέσεων των Αγαρηνών στα μοναστήρια της Παλαιστίνης, ανάγκασε τούς μοναχούς να εγκαταλείψουν την έρημο. Ο Όσιος, μαζί με άλλους κατευθύνθηκε στο όρος Λάτρος, όπου είχαν καταφύγει πολλοί μοναχοί της Αιγύπτου από τις περιοχές του Σινά και της Ραϊθώ, μετά από τις φονικές επιθέσεις των Βλεμμύων Αράβων.
Ο Όσιος Χριστόδουλος μόνασε στη Λαύρα του Στύλου. Στην περιοχή του Λατρους άλλοι ζούσαν κοινοβιακά στη Λαύρα και άλλοι σε κελλιά. Ο μοναχισμός στο όρος Λατρος βρισκόταν την περίοδο εκείνη σε μεγάλη ακμή και ο Όσιος επιδόθηκε με ζήλο στην προσευχή και την νηστεία. Διακρίθηκε στην πνευματική ζωη με το ήθος του, τους ασκητικούς του αγώνες και την πνευματική του κατάρτιση, γεγονός που οδήγησε τούς αδελφούς να τον εκλέξουν ηγούμενο της Λαύρας και έγινε πνευματικός όλων των μοναχών του όρους Λατρος. Ο Όσιος διοίκησε πολλά χρόνια την μοναστική πολιτεία, και η φήμη του εξαπλώθηκε στα πέρατα της αυτοκρατορίας, του εδόθη δε το επίθετο Λατρηνός.
Την περίοδο αυτή της ακμής του Λατρηνού μοναχισμού διέκοψαν επιδρομές Αγαρηνών και ο Όσιος, αποφάσισε να εγκαταλείψει το όρος Λατρος. Μαζί με μια ομάδα μοναχών κατέφυγε στην Κω, όπου κάποιος ευσεβής άρχοντας τούς δώρησε μια έκταση κοντά στο βουνό Δίκαιο. Εκεί, ο Όσιος Χριστόδουλος, άρχισε να οικοδομεί Μονή αφιερωμένη στην Θεοτόκο, και ο αυτοκράτορας Νικηφόρος Βοτανειάτης του παραχώρησε φορολογική απαλλαγή για να ολοκληρώσει το έργο του. Τις απαλλαγές συνέχισε και ο αυτοκράτορας Αλέξιος Κομνήνος, ο οποίος με χρυσόβουλλο έγγραφο όρισε να είναι αυτοδέσποτη η μονή της Θεοτόκου και παραχώρησε το νησί Λειψώ, δύο προάστια στη Λερο – το Παρθένι και τα Τεμένια – και την περιοχή Παντέλι.
Η φήμη του εξηντάχρονου χαρισματούχου γέροντα οδήγησε αρκετούς μοναχούς κοντά του, και οι ντόπιοι έκαναν πολλές δωρεές, έτσι που σε μικρό χρονικό διάστημα η νέα Μονή απέκτησε μεγάλη περιουσία. Όμως, παρά την μεγάλη ακμή στην οποία περιήλθε η Μονή της Θεοτόκου, ο Όσιος δεν ήταν ευχαριστημένος. Το μοναστήρι ήταν κοντά σε κατοικημένη περιοχή και τα μετόχια του συνόρευαν με τα κτήματα των ντόπιων, με αποτέλεσμα οι μοναχοί να έχουν μεγάλο συγχρωτισμό με τούς λαϊκούς, γεγονός που έκανε τον γέροντά τους να ανησυχεί για την πνευματική τους πορεία. Και ήταν τόσο μεγάλη η ανησυχία του, ώστε πήρε μια μεγάλη απόφαση χωρίς να υπολογίσει το κόστος. Να μεταναστεύσει και πάλι και να εγκαταβιώσει σε τόπο άγονο και χέρσο, στο ερημωμένο από τις λεηλασίες νησί Πατμος.
Το 1088, ο Όσιος Χριστόδουλος πήγε στην Κωνσταντινούπολη και ζήτησε από τον Αλέξιο Κομνηνό να του παραχωρηθεί η ερημωμένη εξ αιτίας των πειρατικών επιδρομών Πατμος, για να οικοδομήσει Μοναστήρι. Σεβόμενος τον Όσιο, ο αυτοκράτορας του παραχώρησε την Πατμο με Χρυσόβουλλο λόγο (σώζεται στην μονή της Πάτμου), όπου ορίζεται να δωρηθεί η Πατμος για να γίνει Μονή, καταργεί οποιαδήποτε φορολογία, απαγορεύει κατόπιν επιθυμίας του Οσίου την εγκατάσταση λαϊκών στο νησί και το ανακηρύσσει άβατον.
Με ένα δεύτερο Χρυσόβουλλο, ο Κομνηνός όρισε να δίδονται ως ενίσχυση στην Μονή ετησίως ,τριακόσιοι μόδιοι σίτου και εικοσιτέσσερα Κομνηνάτα Θεοτόκια.
Έτσι, για μία ακόμα φορά στην ζωη του, ο Όσιος Χριστόδουλος μεταναστεύει, αυτή την φορά σε τόπο αφιλόξενο και ερημικό. Από καιρό έχει σκεφτεί πως η ερειπωμένη από τις επιθέσεις των πειρατών και απροσπέλαστη για τα εμπορικά πλοία νήσος Πατμος, θα του πρόσφερε τις ιδανικές συνθήκες για να διασφαλίσει την πνευματική ζωη της συνοδείας του. Εξ’ άλλου την επιθυμία του να ζήσει στην Πατμο ενισχύει το ότι εκεί έζησε και συνέγραψε την Αποκάλυψη ο Απόστολος Ιωάννης.
Μετά την παράδοση της Πατμου, ο Όσιος και όλη η συνοδεία του ξεκίνησαν την ανέγερση της Νεας Μονής στην κορυφή του βουνού, όπου ευρίσκοντο ερείπια αρχαίου ναού της Σκυθίας Αρτέμιδος.
